生物信息学工具是旨在从大量分子生物学/生物数据库中提取有意义的信息并进行序列或结构分析的软件程序。有数据挖掘软件可以从基因组序列数据库中检索数据，也有可视化工具可以分析和检索蛋白质组数据库中的信息。这些工具可分为同源性和相似性工具、蛋白质功能分析工具、序列分析工具和其他工具。
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