酶工程是修饰酶结构的应用。近几年的发展是将基因工程技术应用于酶技术。通过基因工程可以改善或改变酶的许多特性，包括酶的产量和动力学。来自危险微生物和生长缓慢或有限的植物或动物组织的酶可以被克隆成安全的高产微生物。
定向进化是为多种应用设计酶的常用技术。结构信息和对蛋白质如何响应突变和重组的理解被用来通过增加突变序列具有所需特性的概率来开发改进的定向进化策略。针对蛋白质特定区域的诱变或使用重组引入大的序列变化的策略可以补充全基因随机诱变，并为实现更加雄心勃勃的酶工程目标铺平道路。
酶工程相关期刊
转录组学杂志、药物基因组学和药物蛋白质组学杂志、克隆与转基因、组织科学与工程、分子克隆与基因重组、酶目录、生物工程、应用微生物学和生物技术、分子生物学。