蛋白质质谱法是指利用质谱法来研究蛋白质的性质。如今，质谱分析已成为表征蛋白质的重要工具。电喷雾电离和基质辅助激光解吸/电离是全蛋白质电离的两种重要的主要方法。质谱仪测量离子的质荷比。质谱法主要产生部分N端和C端肽。光谱由不同的离子类型组成，因为蛋白质可以在多个位置断裂。串联质谱法的优点是，获得数据库中不一定存在的序列，并且使用这些序列的附加相似性搜索步骤可以识别数据库中的相关蛋白质。
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