蛋白质氨基酸序列的测定、蛋白质构象变化的研究以及与任何其他非肽分子的复杂分子的研究都是蛋白质序列分析。通过蛋白质结构和功能的发现了解活体的细胞过程，从而使研究人员能够开发和设计药物靶点。质谱法和Edman降解法是确定蛋白质测序的主要方法。它们的主要优点是并行跟踪大量蛋白质，而且速度快、机械化、实用、非常敏感，并且节省示例和试剂。在这一点上，它是一种有前途的方法，可广泛用于实验和临床探索。
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