用于确定给定样品中蛋白质含量的分析化学技术是定量蛋白质组学。蛋白质表达的全局分析越来越多地被用作研究蛋白质谱的稳态和扰动引起的变化的方法。细胞不同生物状态之间蛋白质表达的差异，即对照与治疗、健康与疾病、特定基因型与野生型。发现了针对鼠炭疽模型的候选生物标志物，以比较产毒和非产毒菌株的反应。体液的蛋白质组学分析是一个障碍，因为大量蛋白质的存在会干扰 SELDI 等蛋白质组分析技术的分辨率和灵敏度。
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