雷扎·博佐尔格普尔
随着计算技术的快速发展，分子动力学 (MD) 模拟已成为生物医学研究中的强大工具，使深入研究原子级生物系统成为可能。在现有的各种模拟软件中，LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）因其多功能性、可扩展性和广泛的功能而获得了广泛认可。本文献综述旨在全面概述 LAMMPS 在生物医学应用领域的应用。
本综述首先概述了 MD 模拟的基本原理，并强调了 LAMMPS 的独特功能，这些功能使其适合生物医学研究。随后，对文献进行了调查，以确定在各种生物医学背景下使用 LAMMPS 的关键研究，例如蛋白质折叠、药物设计、生物材料和细胞过程。
所审查的研究表明，LAMMPS 在理解生物大分子的行为、研究药物-蛋白质相互作用、阐明生物材料的机械性能以及在分子水平上研究细胞过程方面做出了卓越贡献。此外，本综述探讨了 LAMMPS 与其他计算工具和实验技术的整合，展示了其在协同研究方面的潜力，这些研究弥合了理论与实验之间的差距。此外，本综述讨论了在生物医学模拟中使用 LAMMPS 所面临的挑战和局限性，包括力场的参数化、系统尺寸限制和计算效率。本文介绍了研究人员为缓解这些挑战而采用的策略，以及未来在生物医学领域增强 LAMMPS 能力的潜在方向。